Računsko sodišče je izvedlo revizijo učinkovitosti poslovanja Ministrstva za okolje in prostor (v nadaljevanju: ministrstvo), ki od 10. 2. 2012 nadaljuje z delom kot Ministrstvo za kmetijstvo in okolje in h kateremu so se pridružila delovna področja Ministrstva za okolje in prostor, ki se nanašajo na okolje, pri izvajanju Zakona o vodah in predpisov, izdanih na podlagi Zakona o vodah.

Ugotovili so, da področje upravljanja z vodami ni strateško celovito urejeno, vodne pravice pa se ne podeljujejo pravočasno. Zaradi nezaračunavanja plačil za rabo vode je Slovenija zgolj v letih 2009 in 2010 izgubila najmanj 10,5 milijona evrov proračunskih prihodkov, v obdobju od leta 2005 do 2011 pa najmanj 25 milijonov evrov. Ker je z različnim pristopom k zaračunavanju koncesijskih dajatev neenakopravno obravnavala posamezne uporabnike vode in nekaterim s tem omogočala boljši tržni položaj, je povzročila tudi tveganje nastanka nedovoljenih državnih pomoči, zato bo potrebno te dajatve poračunati tudi za pretekla obdobja. V vodni sklad se niso vplačali vsi prejemki, poraba sredstev pa ni temeljila na vnaprej določenih ciljih, merilih in prioritetah za določitev projektov, ki se financirajo iz sklada za vode, zaradi česar niso izvedeni ustrezni ukrepi urejanja vodotokov in s tem niso ustrezno zmanjšane posledice naravnih nesreč. http://www.rs-rs.si/rsrs/rsrs.nsf/I/0520D2A7365ED473C1257B3A001DF443